La guerra civil y la dictadura franquista quebraron el proceso de modernización de la ciencia iniciado a comienzos del siglo XX
La JAE (1907–1939) fue una institución clave en la modernización de la ciencia española. Impulsó una política de pensiones internacionales y creó laboratorios e instituciones que renovaron la investigación científica y la enseñanza en el primer tercio del siglo XX.
En noviembre de 1939 el gobierno de Franco fundó por ley el CSIC para promover las políticas científicas de la dictadura y desafiar los principios que habían articulado la JAE. Desmantelaron sus laboratorios y centros, persiguieron a su personal y construyeron una nueva arquitectura institucional al servicio de la autarquía y de la cultura nacionalcatólica.
Con la muerte del dictador en 1975, el CSIC comenzó su transición a la democracia y se reorganizó en torno a nuevas políticas científicas.